Em 1990 foi assinado um Protocolo entre a Marinha e a Comissão Nacional para as Comemorações dos Descobrimentos Portugueses, com o objectivo de se levar por diante a recuperação da Fragata "D.Fernando", projecto que foi confiado à Marinha, tendo sido o Arsenal do Alfeite encarregado de executar a obra.

Este projecto, considerado pelo Governo como de interesse cultural e enquadrado na Lei do Mecenato, foi de imediato alvo de interesse de muitas empresas e instituições, que, em conjunto com o Estado Português, apoiaram financeiramente a reconstrução da Fragata.

Em Janeiro de 1992 o casco do navio foi removido do local onde se encontrava e transportado, em Setembro de 1992, numa doca flutuante para o estaleiro da "Ria-Marine", em Aveiro, para efectuar o restauro estrutural. Estes trabalhos que foram dados por concluídos, em 08 de Abril de 1997, com o lançamento à água da D.Fernando.

Esta seguiu, depois a reboque, para o Arsenal do Alfeite onde foi feito o aprestamento e o apetrechamento museológico, última fase do projecto de recuperação da Fragata, que foi aumentada ao efectivo dos navios da Armada em 28 de Abril de 1998.

A "D. Fernando" foi entregue ao Museu de Marinha e figura, em cais próprio, na Expo'98, no ano que marca a chegada de Vasco da Gama à Índia, por mar.

Como museu vivo que se pretende que seja, a Fragata "D.Fernando II e Glória", para além do apetrechamento próprio de um veleiro do séc. XIX e da reconstituição de cenas da vida de bordo dessa época, vai poder ser utilizada como local de exposições temporárias, de concertos e conferências, utilizando-se para isso o convés, a coberta e a bateria do navio. Serão privilegiadas para a utilização destes espaços as entidades, organismos e empresas que, com o seu contributo financeiro ou de outra natureza, ajudaram a tornar possível este projecto.

A Fragata "D.Fernando" irá ser pois um testemunho eloquente da brilhante história marítima portuguesa, orgulho para as gerações actuais e um exemplo para as gerações futuras.